Risale-i Nurun şiddetli tokat vurduğu ve hücum ettiği felsefe ise, mutlak değildir, belki muzır kısmınadır. Çünkü felsefenin hayat-ı içtimaiye-i beşeriyeye ve ahlâk ve kemalat-ı insaniyeye ve sanatın terakkiyatına hizmet eden felsefe ve hikmet kısmı ise, Kur’an ile barışıktır.
Felsefe, düşünme, marifet, bilgi ve hikmet sevgisi anlamına gelmektedir. Felsefeyi Yunan’a bağlamak Yunan Felsefecilerinin işidir. Felsefe düşünceyi ifade etmek anlamına geldiği için ilk insandan itibaren vardır. Bediüzzaman Said Nursi hazretleri felsefeyi hem nazarî düşünceyi hem tabiat ilimlerini ve müpet fenleri kapsayacak şekilde kullanır. İslam Felsefesi” ifadesinin de kullanarak İslam alimlerinin özellikle “İlm-i Kelam” allamelerinin düşüncelerini “İslam Felsefesi” olarak kabul eder.
Bediüzzaman şöyle der: “Risale-i Nurun şiddetli tokat vurduğu ve hücum ettiği felsefe ise, mut¬lak de¬ğildir, belki muzır kısmınadır. Çünki felsefenin hayat-ı içtimaiye-i beşeriyeye ve ah¬lâk ve kemalat-ı insaniyeye ve san’atın terakkiyatına hizmet eden felsefe ve hikmet kısmı ise, Kur’an ile barışıktır. Belki Kur’anın hikme¬tine hadimdir, muaraza ede¬mez. Bu kısma Risale-i Nur ilişmiyor.
İkinci kısım felsefe, dalalete ve ilhada ve tabiat bataklığına düşürmeye vesile ol¬duğu gibi sefahet ve lehviyat ile gaflet ve dalaleti netice verdiğinden ve sihir gibi hâ¬rikalarıyla Kur’anın mu’cizekâr hakikatlarıyla muaraza ettiği için, Risale-i Nur’un ek¬ser eczalarında mizanlarla ve kuvvetli ve bürhanlı müvazenelerle felsefenin yoldan çıkmış bu kısmına ilişiyor, tokatlıyor, müs-takim, menfaatdar felsefeye ilişmiyor...” (Asay-ı Musa, s. 9; Emirdağ Lahikası, s.134.) demektedir.
Bediüzzaman hazretleri “Kırk sene ömrümde, otuz sene tahsilimde yalnız dört kelime ile dört kelam öğrendim. Kelimelerden maksat, manay-ı harfi, manây-ı ismî, niyet ve nazardır” der. (Mesmevi, Katre, s.64.) Bunları açıklayan Bediüzzaman düşüncenin müspet ve doğrusu ile menfi ve yanlışını bu dört kelime ile net bir şekilde açıklar.
“Evet, her şeyin iki ciheti vardır. Bir ciheti Hakka bakar, diğer ciheti halka bakar. Halka bakan cihet hakka bakan cihete tenteneli bir perde ve şeffaf bir cam parçası gibi, altında Hakka bakan cihet-i isnadı gösterecek bir perde gibi olmalıdır. Cenâb-ı Hakkın mâsivâsına, yani kâinata manây-ı harfiyle ve Onun hesabına bakmak lazımdır. Manây-ı ismiyle ve esbab hesabına bakmak hatadır. Nimete bakıldığı zaman mün’im, sanata bakıldığı zaman Sânî, esbaba nazar edildiği vakit Müessir-i Hakiki zihne ve fikre gelmelidir” der.
İşte din insanın niyetini ve nazarını yaratılandan yaratana, sanattan sanatkara, nimetten nimeti verene, sebeplerden sebepleri yaratana çevirir. Gerçekte sebepler sonuçları doğurmaz, sonuçlar sebepleri gerektirir. Bundan dolayı sonuçta ortaya çıkan ağaç bir sebebi gerektirir. Bu sebep tohum, toprak, su, hava ve güneş olamaz. Zira onların hiçbiri ağacı meydana getirecek ilim, irade ve kudrete malik değillerdir. Bu durumda bir başka sebep gerekir ki o da “ilim, irade, kudret, hikmet, inayet ve rahmet sahibi bir sebep olmalıdır. Gayeleri, maksatları ve hikmetleri düşünerek o sonucu meydana getirmelidir. O da ancak Allah olabilir.
Bediüzzaman “Felsefe şu kitab-ı kebirin hurufatına “mana-yı harfî” ile, yani Allah hesabına bakmak lâzım gelirken; öyle etmeyip “mana-yı ismî” ile, yani mevcudata mevcudat hesabına bakar, öyle bahseder. “Ne güzel yapılmış”a bedel, “Ne güzeldir” der, çirkinleştirir. Bununla kâinatı tahkir edip, kendisine müştekî eder. Evet dinsiz felsefe, hakikatsiz bir safsatadır ve kâinata bir tahkirdir” (Sözler, 12. Söz, s. 193.) diyerek gerçek felsefeyi, yani doğru düşünceyi ortaya koymuştur.
Ahir zamanın bu helâket ve felaket asrında dinsiz felsefenin insanlara verdiği şaşkınlık ve körlük ve akıl tutulması sebebiyle insanlık “saadet-i ebediyeye bedel, saadet-i dünyeviye medar-ı nazardır. Beşerin nazar-ı dikkati, başka maksadlara müteveccihtir. Tevekkülsüzlük içinde derd-i maişet, ruha sersemlik ve felsefe-i tabiiye ve maddiye akla körlük vermiştir.” (Sözler, s.429.)
Bediüzzaman hazretleri Müslümanların Kur’an’a muaraza eden batı felsefesinden etkilenmelerini kalb ve ruhun hasta olmasına bağlar ve şöyle der: “Arkadaş! Kalb ile ruhun hastalığı nisbetinde felsefe ilimlerine meyil ve muhabbet ziyade olur. O hastalık marazı da, ulûm-u akliyeye tevaggul etmek nisbetindedir. Demek manevî olan hastalıklar, insanları aklî ilimlere teşvik ve sevk eder. Ve akliyat ile iştigal eden, emraz-ı kalbiyeye mübtela olur.” (Mesnevi-i Nuriye, s. 69.)
Bediüzzaman sonuç olarak batı felsefesinin insanlığı felakete sürükleyeceğini ve sonuçta aklını başına getireceğini ve ister istemez Kur’an’ın ortaya koyduğu inanç ve düşünceye döneceğini belirtir ve şöyle der: “Ayık olan sana tâbi olmaz. Ancak siyaset şarabıyla veya şöhret hırsıyla veya rikkat-ı cinsiye ile veya felsefenin dalaleti ile veya medeniyetin sefahetiyle sarhoş olanlar senin meşreb ve mesleğine tâbi olurlar. Fakat insanın başına indirilen darbeler ve yüzüne vurulan tokatlar, onun sarhoşluğunu izale ile ayıltacaktır.” (Mesnev-i Nuriye, s. 220.)